DNA測序技術大規模應用的前提是什麼

2021-03-03 20:32:47 字數 4758 閱讀 7381

1樓:匿名使用者

1.1樓考慮的成本問題,成本下來了才能可能大規模應用2.測序速度快,如果測一個物種的序列需要花幾年時間,那麼它離大規模應用也很遠,現在的測序速度幾天就能完成測一個物種的序列

3.測序方法的自動化,實現自動化減少人工操作導致的誤差,這也是前提4.提高準確性,測序錯誤太高,一切都免談;只有在可接受的錯誤率前提下,完成大規模測序才有可能。

2樓:匿名使用者

最重要的是成本和速度,現在國外進口的核算測定儀的**比如安瑪西亞,roche,abi的**都在200萬以上,另外一個就是檢測速度,決定性的還是成本。

dna測序技術的應用

3樓:匿名使用者

有兩大類方法,一個sanger雙脫氧末端終止法,一個化學降解法。現在又有了自動測序法。不知道你要問什麼?測序可以進行基因工程和蛋白質工程等技術的原料準備。

4樓:匿名使用者

健康:尋找與疾病相關的突變資訊

醫療:指導臨床用藥,尋找致病基因

農業:各種基因作用的破解,提高農產品產量

保險:明白個人的基因資訊,選擇投保等等

新一代測序中,基因從頭測序和重測序有什麼區別?我要做乙肝病毒dna全長測序,應該選用哪種方法?

5樓:那年丶人已散盡

1、條件不同

從頭測序的條件是不依賴於任何物種基因組;重測序的條件是在已知物種基因組的情況下進行的。

2、病毒變異率不同

從頭測序是通過拼接和組裝的方式獲得基因組序列圖譜,病毒變異率很低;重測序可以尋找出大量的單核苷酸多型性位點,插入缺失位點,結構變異位點,拷貝數變異等變異資訊,從而獲得生物群體的遺傳特徵。病毒變異率很高。

乙肝病毒在醫學上已經測過,只需要做重測序就可以。

6樓:匿名使用者

從頭測序是目前為止還沒有人測過那個物種的全基因組,沒有參考序列進行比對,需要自己組裝拼接後才能知道序列;而重測序是已經有人測過了,只需要重新測序,有參考序列了,只需要與參考序列比對。

乙肝病毒好像是已經測過的,只需要做重測序就可以!

7樓:美吉生物

基因從頭測序也叫做基因de novo測序,是指不依賴於任何已知基因組序列資訊對某個物種的基因組進行測序,然後應用生物資訊學手段對測序序列進行拼接和組裝,最終獲得該物種基因組序列圖譜。

重測序是指在已知物種基因組的情況下,對物種內的不同個體或某個個體的不同組織進行基因組重測序,可以在全基因組水平上發現不同個體或組織細胞之間的差異。通過這種方法,可以尋找出大量的單核苷酸多型性位點(snp),插入缺失位點(indel,insertion deletion),結構變異位點(sv,structure variation),拷貝數變異(copy number variation,**v)等變異資訊,從而獲得生物群體的遺傳特徵。

病毒變異率很高,一般不用重測序,可以用de novo從頭測序。

8樓:匿名使用者

專業性東西,自己看看這個

資料

rna測序與整個基因組測序相比有什麼優勢?

9樓:匿名使用者

rna測序也就是所謂的rna-seq,通常指的是轉錄組測序,只測細胞中的轉錄本。只有基因組中被轉錄出來的那部分能測到。通常用於尋找差異表達基因以及發現新基因。

而基因組測序是整個基因組都測,不管轉錄不轉錄,通常用於基因組組裝,重測序進行基因分型等。

這是根本不同的兩個東西,一個是測轉錄組,一個是測基因組,它們的不同就是轉錄組和基因組的不同。至於優勢,根據自己的目的來判斷吧。

歡迎追問。

第二代dna測序技術的操作流程

10樓:咪浠w眯兮

操作流程如下:

1、測序文庫的構建

首先準備基因組,然後將dna隨機片段化成幾百鹼基或更短的小片段,並在兩頭加上特定的接頭。如果是轉錄組測序,則文庫的構建要相對麻煩些,rn**段化之後需反轉成cdna,然後加上接頭,或者先將rna反轉成cdna,然後再片段化並加上接頭。

2、錨定橋接

solexa測序的反應在叫做flow cell的玻璃管中進行,flow cell又被細分成8個lane,每個lane的內表面有無數的被固定的單連結頭。上述步驟得到的帶接頭的dna 片段變性成單鏈後與測序通道上的接頭引物結合形成橋狀結構,以供後續的預擴增使用。

3、預擴增

新增未標記的dntp 和普通taq 酶進行固相橋式pcr 擴增,單鏈橋型待測片段被擴增成為雙鏈橋型片段。通過變性,釋放出互補的單鏈,錨定到附近的固相表面。通過不斷迴圈,將會在flow cell 的固相表面上獲得上百萬條成簇分佈的雙鏈待測片段。

4、單鹼基延伸測序

在測序的flow cell中加入四種熒游標記的dntp 、dna聚合酶以及接頭引物進行擴增,在每一個測序簇延伸互補鏈時,每加入一個被熒游標記的dntp就能釋放出相對應的熒光,測序儀通過捕獲熒光訊號,並通過計算機軟體將光訊號轉化為測序峰,從而獲得待測片段的序列資訊。

5、資料分析

這一步嚴格來講不能算作測序操作流程的一部分,但是隻有通過這一步前面的工作才顯得有意義。測序得到的原始資料是長度只有幾十個鹼基的序列,要通過生物資訊學工具將這些短的序列組裝成長的contigs甚至是整個基因組的框架,或者把這些序列比對到已有的基因組或者相近物種基因組序列上,並進一步分析得到有生物學意義的結果。

illumina/solexa genome analyzer測序的基本原理是邊合成邊測序。在sanger等測序方法的基礎上,通過技術創新,用不同顏色的熒游標記四種不同的dntp,當dna聚合酶合成互補鏈時,每新增一種dntp就會釋放出不同的熒光,根據捕捉的熒光訊號並經過特定的計算機軟體處理,從而獲得待測dna的序列資訊。

11樓:kyoya六

1)測序文庫的構建(library construction)

首先準備基因組(雖然測序公司要求樣品量要達到200ng,但是gnome analyzer系統所需的樣品量可低至100ng,能應用在很多樣品有限的實驗中),然後將dna隨機片段化成幾百鹼基或更短的小片段,並在兩頭加上特定的接頭(adaptor)。如果是轉錄組測序,則文庫的構建要相對麻煩些,rn**段化之後需反轉成cdna,然後加上接頭,或者先將rna反轉成cdna,然後再片段化並加上接頭。片段的大小(insert size)對於後面的資料分析有影響,可根據需要來選擇。

對於基因組測序來說,通常會選擇幾種不同的insert size,以便在組裝(assembly)的時候獲得更多的資訊。

2)錨定橋接(su***ce attachment and bridge amplification)

solexa測序的反應在叫做flow cell的玻璃管中進行,flow cell又被細分成8個lane,每個lane的內表面有無數的被固定的單連結頭。上述步驟得到的帶接頭的dna 片段變性成單鏈後與測序通道上的接頭引物結合形成橋狀結構,以供後續的預擴增使用。

3)預擴增(denaturation and ***plete amplification)

新增未標記的dntp 和普通taq 酶進行固相橋式pcr 擴增,單鏈橋型待測片段被擴增成為雙鏈橋型片段。通過變性,釋放出互補的單鏈,錨定到附近的固相表面。通過不斷迴圈,將會在flow cell 的固相表面上獲得上百萬條成簇分佈的雙鏈待測片段。

4)單鹼基延伸測序(single base extension and sequencing)

在測序的flow cell中加入四種熒游標記的dntp 、dna聚合酶以及接頭引物進行擴增,在每一個測序簇延伸互補鏈時,每加入一個被熒游標記的dntp就能釋放出相對應的熒光,測序儀通過捕獲熒光訊號,並通過計算機軟體將光訊號轉化為測序峰,從而獲得待測片段的序列資訊。從熒光訊號獲取待測片段的序列資訊的過程叫做base calling,illumina公司base calling所用的軟體是illumina』s genome analyzer sequencing control software and pipeline analysis software。讀長會受到多個引起訊號衰減的因素所影響,如熒游標記的不完全切割。

隨著讀長的增加,錯誤率也會隨之上升。

5)資料分析(data analyzing)

這一步嚴格來講不能算作測序操作流程的一部分,但是隻有通過這一步前面的工作才顯得有意義。測序得到的原始資料是長度只有幾十個鹼基的序列,要通過生物資訊學工具將這些短的序列組裝成長的contigs甚至是整個基因組的框架,或者把這些序列比對到已有的基因組或者相近物種基因組序列上,並進一步分析得到有生物學意義的結果。

第二代dna測序技術的基本原理

12樓:重量

illumina/solexa genome analyzer測序的基本原理是邊合成邊測序。在sanger等測序方法的基礎上,通過技術創新,用不同顏色的熒游標記四種不同的dntp,當dna聚合酶合成互補鏈時,每新增一種dntp就會釋放出不同的熒光,根據捕捉的熒光訊號並經過特定的計算機軟體處理,從而獲得待測dna的序列資訊。

基因晶片是屬於第一代測序技術還是第二代測序技術

13樓:匿名使用者

基因晶片不屬於測序技術,屬於測序技術的平臺目前有:

第一代:sanger測序儀(3730xl),毛細管電泳測序儀等;

第二代:illumina測序平臺、ion pgm/proton測序平臺、cg測序平臺、羅氏454測序平臺、solid測序平臺等;

第三代:pacbio測序平臺等。

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