1樓:且行且逝
測序得到的總鹼基數與待測基因組大小的比值,即測序資料量的大小
2樓:我們飛哈
測序深度,測序得到的鹼基總量(bp)與基因組大小(genome)的比值,它是評價測序量的指標之一。
二代測序為什麼有的用g有的用reads代表測序深度
3樓:匿名使用者
二代測序中g就是gb跟硬碟的gb一樣,因為資料量非常
大所以一般都用多少g來生命測序版得到的權鹼基資料。reads是指讀出的短序列、短片段。測序深度一般用數字加乘號來表示比如100x這樣。
表示測序實際得到的有效鹼基資料比模板實際鹼基資料。大致就是這樣
為什麼二代測序又叫深度測序
4樓:士誠小人也
在二代測序中,為了有效覆蓋全基因組,獲得的資料量一般是被測基因組的幾十倍,然後再拼接。
也就是說,理論上,每個位點都要被覆蓋幾十次甚至上百次,這個次數就叫測序深度
所以,二代測序也成為深度測序
深度測序和普通的二代測序有什麼區別?有什麼應用
5樓:淵源
有兩種體細胞突變容易被忽視,一種是侷限在特定組織的突變。舉例來說,如果突變只存在於大腦,而我們檢測的是血液,那就找不到這些致病突變。另一種致病性體細胞突變雖然發生在所有組織中,但是隻影響一部分細胞,因此不容易被檢測到。
普通的二代測序,全基因組或外顯子組測序是將dna分成小片段,然後對各個片段多次讀取(一般是三十次)。然而,如果突變只發生在15-20%的細胞中,三十次讀取還不足以可靠地捕捉到它們,尤其是當突變隻影響一個基因拷貝時。
walsh和博士後saumya jamuar通過「定向高覆蓋度測序」技術,為158名腦部疾病的患者鑑定致病突變,這些患者的症狀包括癲癇、智力障礙、語言障礙等。
研究人員並沒有分析整個基因組或外顯子組(所有蛋白編碼基因),而是把注意力放在一系列已知或有嫌疑的基因上,並且大大提高了測序的深度。
在一些疾病如唐氏綜合徵中,嵌合突變相較於影響全身細胞的突變,產生的症狀要輕一些。但是很少量的變異細胞就足以引發損害人身心健康的症狀,在以往的研究中,為了從普通基因組中檢測到這些突變,研究人員就不得不增加測定的序列數量。而對少數候選基因區域進行的平均300次深度測序,就可以有效辨別被誤認為測序錯誤的突變。
illumina二代測序的比較完整的介紹,比如什麼是文庫,什麼是測序深度
6樓:林少鳳
不同的測序型別這個對於濃度 純度 總量完整度都有不同的要求 主要是你用來那資料是做什麼,如常見基因組樣品,總量要在1微克以上,且條帶明顯。
為什麼高通量測序dna是深度,rna測序是多少m
7樓:倚雲昭陽攬雁聲
由於rna表達的時空和時間的特異性,所以不同時刻或者是同一時刻不同組織內rna表達的數目有著較大的差別,所以我們在說rna的測序資料量時就不能夠用測序深度來表示。一般在說rna測序時會說我們測了多少的cluster, 就是打斷後的rna分子。比如說某一個rna樣本測序用了30m(30million)的cluster,採用雙端測序技術,就是每個cluster從兩端都測一次,每次測150bp,所以就會得到30m*2=60m的reads數,然後reads數乘以每條read的長度就是我們最後的測序資料量(鹼基數),即為60m*150=9g的鹼基數。
8樓:
基因組測序的測序深度一般是10x。
測序深度是指測序得到的總鹼基數與待測基因組大小的比值。假設一個基因大小為2m,測序深度為10x,那麼獲得的總資料量為20m。
基因測序是一種新型基因檢測技術,能夠從血液或唾液中分析測定基因全序列,**罹患多種疾病的可能性,個體的行為特徵及行為合理,如癌症或白血病,運動天賦,酒量等。
illumina二代測序的比較完整的介紹,比如什麼是文庫,什麼是測序深度
9樓:匿名使用者
基因bai測序(分為 dna 和 rna)是指通過一定du的技術手zhi段分析 dna
或者 rna 片段
dao中的鹼基序列,也就是腺版
嘌呤(a)、胸權腺嘧啶(t,rna 為尿嘧啶 u)、胞嘧啶(c)與鳥嘌呤的(g)排列方式,從而為生物學 和醫學的研究發現提供支援。
評價測序技術有多個重要的引數(圖表 1),這些引數之間存在相關 性,比如測序讀長越長,讀段後半部分的鹼基測序準確率都會比較低。 測序技術的評價應該綜合考慮這些引數。
高通量基因組測序中,什麼是測序深度和覆蓋
10樓:匿名使用者
簡潔版:
深度即:測序得到的總鹼基數/基因組鹼基數 。也可以理解為將基因組測了幾遍。
測序深度能減少假陽性和測序錯誤率。 覆蓋度原來是指基因/轉錄組上測序測到的部分佔整個組的比例,但是現在很多人把coverage也直接當depth用了。
詳細版: depth嘛,就是被測基因組上單個鹼基被測序的平均次數,比如某樣本的測序深度為30x,那麼就是說該樣本的基因組上每一個單鹼基平均被測序(或者說讀取)了30次,注意,是平均。當然了,depth也有最大和最小值,這個都可以由資訊分析得到。
coverage就好理解了,由於大片段拼接的gap、測序讀長有限、重複序列等問題的存在,測序分析後組裝得到的基因組序列通常無法完全覆蓋所有區域,覆蓋度就是最終得到的結果佔整個基因組的比例。例如一個人的基因組測序,覆蓋度為98.5%,那麼說明該基因組還有1.
5%的區域通過我們的組裝和分析無法得到。
至於什麼演算法之類的,太深了,應該不用瞭解吧~~偶也寫不出來。。。:p
當然,轉錄組也同上,
11樓:豆穎環力學
可以簡單理解為深度是一條鏈上一個鹼基檢測到的次數,
覆蓋度是你檢測到的這個樣本的總鹼基數的百分比
高通量基因組測序中,什麼是測序深度和覆蓋度
12樓:匿名使用者
可以簡單理解為深度是一條鏈上一個鹼基檢測到的次數,
覆蓋度是你檢測到的這個樣本的總鹼基數的百分比
一代測序二代測序和三代測序各有什麼優勢
第一代指雙脫氧末端終止法，擴增後通過毛細管電泳讀取序列，每次獲取資料量少 第二代為高通量測序，採用微珠或高密度晶片邊合成邊測序，代表有454，solexa，solid，高通量，可一次獲得數g資料，相對與第三代，都仍然需要擴增的方法放大訊號，擴增後再檢測。第三代特點是單分子測序，多基於奈米科技，無需擴...
一代測序，二代測序，三代測序的優點缺點分別是什麼，求大神賜教
第一代指雙脫氧末端終止法，擴增後通過毛細管電泳讀取序列，每次獲取資料量少 第二代為高通量測序，採用微珠或高密度晶片邊合成邊測序，代表有454，solexa，solid，高通量，可一次獲得數g資料，相對與第三代，都仍然需要擴增的方法放大訊號，擴增後再檢測。第三代特點是單分子測序，多基於奈米科技，無需擴...
染色體基因晶片分析和第二代測序應用的區別
基因晶片是將基因片段有序地固定在玻璃載體上，用熒游標記的被檢測者的dn 段與之雜交，將結果掃描 軟體提取並分析資料的一種快速 高效的分子生物學分析手段。基因測序是確定一條染色體片斷上的鹼基排列的順序。基因晶片具有高通量 一次動作可以完成實驗室多個步驟的工作 高資訊量 一張晶片可以完成多種基因的檢測 ...