巨集基因組測序都能得到那些結果?可以用於什麼研究

2021-03-03 20:32:47 字數 1043 閱讀 7390

1樓:診斷君

巨集基因組測序,是對特定環境(或者特定生境)樣品中的微生物群體基因組進行序列的測定,以分析微生物群體基因組成及功能,解讀微生物群體的多樣性與丰度,探求微生物與環境,微生物與宿主之間的關係,發掘和研究新的、具有特定功能的基因。巨集基因組測序研究避開了微生物分離培養的過程,擴充套件了微生物資源的利用空間,為研究微生物相互作用提供了有效工具。閱微基因採用第二代高通量測序技術進行巨集基因組學研究,無需構建克隆文庫,可以直接對環境樣品中的基因組片段進行測序,這避免了文庫構建過程中利用宿主菌對樣品進行克隆而引起的系統偏差,簡化了巨集基因組研究的基本操作,提高了測序效率,從而極大地促進了巨集基因組學的發展。

通過大量測序,可以獲得樣品的群落結構資訊,如微生物物種在該環境下的分佈情況及成員間協作關係等,通過還可以確定一些特殊的主要基於或者dn**段。對於多個樣品,還可做相應的比較分析,發掘樣品間的相同點與不同點。

巨集基因組測序,可以用於疾病研究,微生物種群分析,環境多樣性分析,遺傳多樣性分析,只要有微生物的地方,就可以用到巨集基因組測序

巨集基因組學應用於哪些方面的研究

2樓:莫彷徨

採用巨集基因組技術及基因組測序等手段,來發現難培養或不可培養微生物中的天然產物以及處於「沉默」狀態的天然產物。巨集基因組不依賴於微生物的分離與培養,因而減少了由此帶來的瓶頸問題。

隨著新一代測序技術的迅猛發展,研究巨集基因組的方法也已經發生了翻天覆地的變化:傳統的方法是測定微生物基因組上的16s rrna基因,這些基因的長度通常在1500個鹼基左右,廣泛分佈於原核生物,既能提供足夠的資訊,而且具有相對緩慢的進化過程;其保守性與特異性並存,通過保守區和特異區來區別微生物的種屬。基於這些特性,科學家們通過選擇這些基因區域,方便地研究環境中物種的組成多樣性,但是還不能全面分析環境中的基因功能。

而現在,新一代高通量低成本測序技術的廣泛應用,科學家們可以對環境中的全基因組進行測序,在獲得海量的資料後,全面地分析微生物群落結構以及基因功能組成等。

短短幾年來,巨集基因組學的研究已經滲透到各個領域,從海洋到陸地,再到空氣,從白蟻到小鼠,再到人體,從發酵工藝到生物能源,再到環境治理等。

基因測序中,測序深度為獼猴基因組「11 56倍」的覆蓋率是什麼意思?這裡的倍數是什麼意思

假設一個獼bai猴基因組共有a個鹼基,du那zhi麼這次測序共測出了dao11.56a個鹼基,相當於平內均每一個鹼容基都被測了11.56次。高通量測序是將基因組隨機打斷成小於150bp的片段,之後進行拼接,只有提高覆蓋率,才能保障拼接的準確性。基因組測序中,什麼是測序深度和覆蓋度 測序深度是指bai...

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全基因組甲基化測序,應該測多少,全基因組甲基化測序需要做重複嗎

測序覆蓋bai度 基因組被測序得到 du的鹼基zhi覆蓋的比例 測序覆dao蓋度是反映 版測序隨機性的指權標之一 測序序深度與覆蓋度之間的關係可以過lander waterman model 1988 來確定。當深度達到5x時,則可覆蓋基因組的約99.4 以上。全基因組甲基化測序需要做重複嗎 不用做...